Entré à l'ONF en 1998, Marcel Jean occupe pendant un an le poste de producteur, Exploitation de la collection. À ce titre, il produit l'intégrale vidéographique de Pierre Perrault dans la Collection Mémoire ainsi que des biographies de Luce Guilbault et de Guy l'Écuyer pour la télévison.

En 1999, il est nommé Producteur exécutif du studio Animation et Jeunesse et succède à Pierre Hébert. Il termine notamment les productions de Âme Noire / Black Soul (Martine Chartrand, 2000), récipiendaire du Jutra du meilleur film d'animation en 2002, Du big bang à mardi matin (Claude Cloutier, 2000), ainsi que la coproduction de Clandestin (Abi Feijo, 2000) avec Filmografo au Portugal.

Sous sa direction, le Studio Animation et Jeunesse poursuit son engagement à produire des oeuvres d'animation d'auteur, laissant une large place à l'expérimentation et la diversité des approches. Il produit lui-même de nombreux films, dont La Pirouette (Tali, 2002), Parfum de Lumière (Serge Clément, 2002), Nuit d'orage (Michèle Lemieux, 2003) et Accordéon(Michèle Cournoyer, 2004). Marcel Jean engage de plus le studio Animation et Jeunesse dans la production de films réalisés hors Montréal, ce qui permet à de jeunes cinéastes de la relève d'entreprendre leur première oeuvre professionnelle : à Saguenay, Patrick Bouchard réalise Les Ramoneurs cérébraux (2002) et remporte le Jutra du meilleur film d'animation en 2003, alors que le Groupe Kiwistiti de Québec nous livre Rumeurs (2003). Il produit aussi les deux premiers films professionels de l'artiste visuel franco-ontarien Jean Detheux: Liaisons(2005) et Rupture(2005).

Au cours des années, Marcel Jean a consolidé les efforts entrepris avant lui du côté de la coproduction internationale, en concrétisant un accord avec le studio francais Folimage, dans le cadre de La Résidence pour cinéaste d'animation. Il coproduit Zodiac (Oerd Van Cuijlenborg, 2001) et Francois Le Vaillant (Carlès Porta Garcia, 2001) et Circuit marine(Isabelle Favez, 2003). Avec la compagnie norvégienne Pravda, il entreprend la coproduction de deux films de Pjotr Sapegin, Aria(2001) et À travers mes grosses lunettes(2004). En 2002, il conclut une entente avec la maison danoise Zentropa pour la production de Angéli de Lejf Marcussen. L'homme sans ombre(George Schwizgebel, 2004)qu'il coproduit avec le studio suisse GDS, remporte de nombreux prix internationnaux. En 2005, il  termine la coproduction de Ruzz et Ben de Philippe Jullien avec JPL films, studio basé à Rennes.

Actuellement, il coproduit un deuxième film de George Schwizgebel(Jeu) ainsi qu'un film de Florence Miailhe(Conte de quartier) et un autre de Regina Pessoa(Histoire tragique avec fin heureuse).

Auparavant, Marcel Jean a occupé diverses fonctions dans le milieu du cinéma et de l'édition : critique de cinéma au Devoir et à 24 Images, coauteur du Dictionnaire du cinéma québécois avec Michel Coulombe et directeur de collections aux éditions Les 400 coups. Il a lui-même réalisé cinq films, dont Vacheries (1990), État critique (1991) et Écrire pour penser (1999). Son intérêt pour le cinéma d'animation est bien connu, puisqu'il a consacré deux livres à ce sujet (Le Langage des lignes, 1995; Pierre Hébert, l'homme animé, 1996), qu'il a occupé le poste de conservateur du cinéma d'animation à la Cinémathèque québécoise de 1996 à 1998 et qu'il enseigne l'histoire et l'esthétique du cinéma d'animation à l'Université de Montréal depuis 20 ans.

Marcel Jean a quitté son poste de Producteur exécutif du studio Animation et Jeunesse au mois de juin 2005.